公元2099年，银河系一个荒芜的星球”土卫五”，从外表看是一颗死星，但这里存在着一个秘密基地，由赤色帝国秘密建立，正在研究一项帝国最高机密项目，代号“红色物质”。
在一间实验室中，伊琳娜.谢罗娃正在进行一系列的研发工作，胸前的名牌“生物部”，代表着她的身份，在生物学方面有着极高的成就，这次被委派到这里主导研发工作，可是，今天她发现所研究的红色霉菌是一种非常危险的病毒，需要中止研究工作。她赶紧联系了工程部斯塔斯.沃尔科夫，在这枯燥的研究过程中慢慢有了感情，发展成了恋人关系！经过商讨，他们俩觉得先把消息传回总部，等待总部通知。于是伊琳娜来到通讯部，这里是她的好友奥尔加.克雷娃负责的，把消息告诉奥尔加后就匆匆离开了。
然而奥尔加并没有把信息传回总部，而是来到了安保部，这里的是负责人尼古拉.马图林，他还有一个身份-北大西洋联邦间谍，在这个项目创立之时已经潜伏至此，准备窃取机密。看到他的小情人奥尔加慌慌张张跑过来，在得知伊琳娜发现的信息后，他觉得窃取这个病毒并带回北大西洋联邦，用来之后对付赤色帝国。于是他安抚好他的情人后，并悄悄来到伊琳娜实验室，尼古拉就残忍的将她杀害了。正准备处理尸体时候，他听到了脚步声，于是躲了起来。斯塔斯进入实验室，发现自己的女友躺在地上留着鲜血，顿时就冲了上去，尼古拉一不做二不休把斯塔斯也杀了，然后带走了红色霉菌，然而他并没有发现红色霉菌已经泄露..
基地里还有一名研究员萨沙.里斯，她是量子力学部。她像往常一样在其他实验室做着量子研究，今天研究不是很顺利，于是她就去找同事伊琳娜，到了伊琳娜实验室发现伊琳娜和斯塔斯都已经死了，而且红色霉菌已经在扩散，整个基地都有着被吞噬的危险。她马上去找尼古拉和奥尔加，发现他们准备坐飞船离开，这是萨沙才意识到伊琳娜和斯塔斯都是他们杀死的。他们其中有1个或者2个都是北大西洋联邦间谍，于是萨沙启动了基地自毁程序，决定与他们同归于尽。最终红色的海洋吞噬了整个基地以及所有人。
